не будет ли тротлить процессор xeon e5 2650 v2 с кулером id-cooling dk-01t

не будет, ну кулек будет молотить на максимум. Оно тебе надо столько шума? Купи любую башню на три трубки

В характеристиках кулера указано, что он может рассеять 95Вт, но это под большим вопросом. У этих кулеров очень топорно обработана подошва, быстро забиваются пылью щели между пластинами радиатор, к тому же он имеет 3-pin управление, а значит скорее всего у Вас он будет постоянно молотить на 100% оборотов, создавая максимальный шум и засасывая максимум пыли.
Под полной нагрузкой будет тротлить.

тебе нужно все ядра на максимум? для какой работы? у него частота небольшая, если сделаешь полуоткрытый корпус с хорошей продуваемостью, то тротлить не должен. тут два варианта, либо берешь хороший кулер подороже, либо вкладываешься в корпусные вентили, но они заодно и остальное продувают (ВРМ, оперативу, видюху). я бы выбрал второе, ели шум не критичен. а по существу - зачем тебе этот древний проц, пора обновляться. бери Райзен, не пожалеешь.
ПС: был у меня и 2650 и 1650 и первой и второй версии (v2 и v1), в итоге китайская мать сгорела. поменял на райзен: и частоты больше и проблем меньше (температура и потребление ниже, мощность выше). переплатил один раз, зато гемора нету

Скорее всего будет. Лучше недорогую башню купить.